Ιδρύθηκε το 1981 από δωρεά του Ιδρύματος Βασίλη & Ελίζας Γουλανδρή με σχέδια του Στάμου Παπαδάκη. Στεγάζει ευρήματα από ανασκαφές στην Άνδρο. Στις όμορφα διαμορφωμένες αίθουσες με τη βοήθεια φωτογραφείων και ομοιωμάτων ο επισκέπτης περιηγείται στην ιστορία του νησιού από τη νεολιθική εποχή έως τους Βυζαντινούς χρόνους. Εδώ στεγάζεται η σπουδαία συλλογή του γεωμετρικού οικισμού της Ζαγοράς καθώς και ένα πολύ καλά διατηρημένο αντίγραφο του χάρτη του Ρήγα Φεραίου. Από τα πιο σημαντικά και εντυπωσιακά εκθέματα του Μουσείου είναι ο Ερμής της Άνδρου, ελληνιστικό αντίγραφο του ομώνυμου του Πραξιτέλη που βρέθηκε το 1833 στην Παλαιόπολη, οι ακέφαλοι Κούροι, ο κορμός της Άρτεμης, ρωμαϊκό αντίγραφο του 2ου αι. π.Χ., επιγραφές γλυπτά της προβυζαντινής και βυζαντινής εποχής.